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いろいろ

baySeqで多群間比較

RNA-seqで多群間解析する(前置き) RNA-seqのカウントデータから、発現変動解析で多群間比較を行う場合、全ての組み合わせに対してペアワイズに検定したり、グループをいったんプールして比較する(見たことありませんが)といった工夫が考えられます。ただ…

edgeRで3群間比較してみた

edgeRでの多群間発現変動解析について、少し実験してみました。 今回はこのような仮想的なデータを用意しました。G1、G2、G3という3つのグループを含むという設定です。今回用いるデータはかなりノイズが少ない現実のデータとは少し遠いシミュレーションデ…

Rでタピオカミルクティー

R

plot.new() plot.window(c(-10, 10), c(-10, 10), asp = 1) polygon(c(-3, -4, 4, 3, -3), c(-8, 1, 1, -8, -8), col = "#ead7a4", border = F) polygon(c(-3, -3 - 10 / 9, 3 + 10 / 9, 3, -3), c(-8, 2, 2, -8, -8), lwd = 2) segments(c(0.8, 1.5), c(-7.…

3グループのRNA-seqカウントデータのシミュレーション

3グループデータのモデル化 前回に続きましてRNA-seqの記事になります。まずは、3グループの場合のそれぞれのサンプル、遺伝子のカウントデータの平均パラメータを数式で簡単にモデル化していきたいと思います。こちらのページ(https://bi.biopapyrus.jp/r…

RNA-seqで3つ以上のグループの比較

突然ですがRNA-seqのリードカウントデータによる発現解析についての記事です。今回はサンプルのグループが3つ以上のときの解析方法について、少し考えたことを述べていこうと思います。3つ以上を一般的に考えると頭がこんがらがるので今回は3つの場合と限…

簡易的に遺伝子型を図示したい

生物系の研究室ではある系統の交雑後代の遺伝子型を複数のマーカーについて調べるという実験をすることがよく?あります。こういった実験ではエクセルなどの表に結果を記録していきます。行にサンプル、列にマーカーが並んでいて、各セルにそのマーカーの示…