AlphaSimRとは こちらの論文で紹介されている、植物および動物の育種プログラムをシミュレートするためのRパッケージです。Faux et al., 2016で紹介された’AlphaSim’の後継にあたり、Rの関数を実行することで育種をシミュレートします。遺伝的な集団構造の設…

ここ最近、輪郭形状解析の話をブログにまとめている中で、ランダムな形状の生成を試行していておもしろい模様生成の方法をたまたま見つけたのでその内容をメモがてら記事に残しておこうと思います。 具体的なコードと生成された模様は以下。ことの顛末として…

必要なパッケージのインポート テスト用画像生成 輪郭抽出 中心座標を揃える サイズを揃える 向きを揃える 対称性を測るクラスを定義 輪郭に対してのPCA 2次のモーメントを利用 EFAの第一調和楕円の軸を利用 総当たり法 得られた回転角情報をもとに輪郭の向…

必要なパッケージのロード テスト用の輪郭生成 楕円フーリエ解析 with ktch 標準化あり(norm=True)の結果 標準化なし(norm=False)の結果 輪郭の向き補正+標準化なしの結果 輪郭の向き補正+開始点補正+標準化なしの結果 pyefdパッケージによる検証 R/Momocsに…

1. Contig情報の付加 VCFファイルを扱っているときに以下のようなwarningが出ることがあります。 [W::vcf_parse] Contig 'chr1' is not defined in the header. (Quick workaround: index the file with tabix.) これはVCFファイルのヘッダーに以下のようなC…