可視化

簡単な輪郭(形)の解析をしてみました

輪郭(形)というと一見定量的に評価するのが難しそうな対象ですが、実は意外とできるということで簡単に実験してみました。 今回の方法の基盤となるのはフーリエ記述子という概念です。 解析対象は最近スーパーでニンジンを大量に買ったのでそれを使いまし…

蛍光ジェノタイピングデータクラスタリングアプリを更新しました

アプリURL https://sabe.shinyapps.io/clfbg/ ということで、改めてアプリの詳しい使い方をここで示したいと思います。 アプリサイトにアクセスするとまず最初に以下のような画面が現れます。 最初にすることはインプットファイルのロードです。上図で赤く囲…

Ideogram plotについて (R)

Rでgenomic dataをプロットする場合いくつかのパッケージがあります。例えば RIdeogram IdeoViz などです。 その中の一つに karyoploteR (Bernat Gel & Eduard Serra. (2017). karyoploteR: an R/Bioconductor package to plot customizable genomes display…

RでVCFを操作する2

RでVCFファイルを操作する2ということで2ヶ月前の記事に引き続き VariantAnnotation でのVCFの扱い方について説明していこうと思います。 今回はデータのプロットまでしてみようと思います。 データインポート 前回と同様、パッケージに同梱されているVCFフ…

Gviz使ってみた

Gvizとは Gvizはゲノムブラウザーで行うような可視化をRのプロットシステムを用いて実行することを可能にしてくれるパッケージです。 GvizはTrackという単位でプロットを行います。Trackにはいくつかの種類がありそれぞれに関数があります。これらの関数を用…

簡易的に遺伝子型を図示したい

生物系の研究室ではある系統の交雑後代の遺伝子型を複数のマーカーについて調べるという実験をすることがよく?あります。こういった実験ではエクセルなどの表に結果を記録していきます。行にサンプル、列にマーカーが並んでいて、各セルにそのマーカーの示…