R

Shinyで96(384)-well plateのインターフェースを作ってみた

(以下の記事はR 3.6.3で試しています。) Rはプロットに関する関数が充実して勘所をつかむと結構いろいろなお絵描きができます。例えば私は以前の記事でこんなアホなことをしています。 menseki.hatenablog.jp そして、学生時代よく実験で使っていた96(384)…

MBCluster.Seqで遺伝子間クラスタリング

RNA-seqデータのクラスタリング RNA-seqでは得られたリードを遺伝子やエキソンごとに数え上げることで発現解析を行うことは一般的なワークフローの一つです。得られたカウントデータは通常、行に遺伝子またはエキソン、列にサンプルが並ぶような形の数値行列…

蛍光ジェノタイピングデータクラスタリングアプリを更新しました

アプリURL https://sabe.shinyapps.io/clfbg/ ということで、改めてアプリの詳しい使い方をここで示したいと思います。 アプリサイトにアクセスするとまず最初に以下のような画面が現れます。 最初にすることはインプットファイルのロードです。上図で赤く囲…

Ideogram plotについて (R)

Rでgenomic dataをプロットする場合いくつかのパッケージがあります。例えば RIdeogram IdeoViz などです。 その中の一つに karyoploteR (Bernat Gel & Eduard Serra. (2017). karyoploteR: an R/Bioconductor package to plot customizable genomes display…

RでVCFを操作する2

RでVCFファイルを操作する2ということで2ヶ月前の記事に引き続き VariantAnnotation でのVCFの扱い方について説明していこうと思います。 今回はデータのプロットまでしてみようと思います。 データインポート 前回と同様、パッケージに同梱されているVCFフ…

Gviz使ってみた

Gvizとは Gvizはゲノムブラウザーで行うような可視化をRのプロットシステムを用いて実行することを可能にしてくれるパッケージです。 GvizはTrackという単位でプロットを行います。Trackにはいくつかの種類がありそれぞれに関数があります。これらの関数を用…

競プロの問題を使ってRcppの練習をしてみた

R C++

競プロとは 競プロとは競技プログラミングの略称で、出題される問題に対し、プログラミングによって解決をし、その速さ、正確さを競うものです。 日本で競プロのコンテストを開催しているサイトといえばAtCoder(https://atcoder.jp/)が代表的だと思います。 …

実験プロトコルをinteractive R markdownで書いてみました

突然ですが、実験プロトコルに書いてある反応溶液の組成などは基本的に1サンプル分だったりして、そこから自分が必要な分を計算したりします。そういった作業が面倒くさい(アプリがありそうですが)のでなんとなくR markdownとShinyを使ってインタラクティ…

baySeqで多群間比較

RNA-seqで多群間解析する(前置き) RNA-seqのカウントデータから、発現変動解析で多群間比較を行う場合、全ての組み合わせに対してペアワイズに検定したり、グループをいったんプールして比較する(見たことありませんが)といった工夫が考えられます。ただ…

edgeRで3群間比較してみた

edgeRでの多群間発現変動解析について、少し実験してみました。 今回はこのような仮想的なデータを用意しました。G1、G2、G3という3つのグループを含むという設定です。今回用いるデータはかなりノイズが少ない現実のデータとは少し遠いシミュレーションデ…

Rでタピオカミルクティー

R

plot.new() plot.window(c(-10, 10), c(-10, 10), asp = 1) polygon(c(-3, -4, 4, 3, -3), c(-8, 1, 1, -8, -8), col = "#ead7a4", border = F) polygon(c(-3, -3 - 10 / 9, 3 + 10 / 9, 3, -3), c(-8, 2, 2, -8, -8), lwd = 2) segments(c(0.8, 1.5), c(-7.…