2種類の蛍光強度データをクラスタリングする

KASP (https://en.wikipedia.org/wiki/Kompetitive_allele_specific_PCR) のような2種類の蛍光強度の強さから遺伝子型を同定する実験があります。

人間が一つ一つデータを見て各サンプルの遺伝子型を決定するのは面倒なので、今回はこの実験で得られる2種類の蛍光強度のデータをクラスタリングして自動で各サンプルの遺伝子型を決めていくWebアプリ(以下のリンクから飛べます)を作りました。

https://sabe.shinyapps.io/clfbg/

アプリケーションの外観はこんな感じです。名前は適当にCLFBG(Clustering fluorescence-based genotyping data)としました。英語はかなり適当です。

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アプリケーション外観

エクセルまたはCSV形式でデータを投げると自動的にクラスタリングを行ってくれます。

データの正規化やクラスタリング手法、クラスタリングのパラメータをいじることができるようになっていて、結果をCSVファイル形式でダウンロードすることもできます。

アプリケーションのUsageタブの方にもう少し詳しい説明も載せておきましたので参考にしてぜひ使ってみてください!