Gviz使ってみた

Gvizとは

Gvizはゲノムブラウザーで行うような可視化をRのプロットシステムを用いて実行することを可能にしてくれるパッケージです。

GvizはTrackという単位でプロットを行います。Trackにはいくつかの種類がありそれぞれに関数があります。これらの関数を用いTrackを生成し、最後にまとめてプロットするという流れを踏みます。

今回は簡単にAnnotationTracksという関数を用いて図示を行ってみます。

library(Gviz)
options(ucscChromosomeNames = FALSE)
atrack <- AnnotationTrack(
  start = c(1, 100, 200),
  end = c(50, 150, 250),
  group = c(1, 2, 2),
  id = c("A", "B", "C"),
  strand = c("+", "-", "-"),
  chromosome = "my chr",
  genome = "my genome",
  name = "my annotation"
)


plotTracks(atrack)

できました。