(本記事の内容はすべてをテストして調べたわけではないので、正しいことを保証できません。最終的には公式のマニュアルを参照されることをおすすめします。） bcftoolsの多くのサブコマンドで使うことのできるフィルタリング用のオプションとして、 -i, --in…

今回は snakemake でバリアントコール パイプラインを構築してみたいと思います。 bcftoolsによるバリアントコール まずはbamファイルからバリアントコールを行うルールを書いていきます。 rule bcftools_mpileup_call: input: rg="read_groups.tsv", bam=ex…

vcfファイルのサンプル名がbamファイル名なんですけど… bcftoolsで何も考えずにバリアントコールをしたとき、vcfのサンプル名はbamファイル名になっています。 別にこのままでもいいかもしれませんがなんかダサい感じがします。 そこでvcfの列名の部分にサン…