ImageJを使って単純な方法で画像から葉面積を測ってみました。大まかな方法としては、画像から緑の部分を選択して選択された部分の面積（ピクセル数）を数える感じです。 RGBからLab色空間に変換する RGBのGチャンネルが高いピクセルが緑だと思いそうですが…

ちょっと古いですがOrganelle_PBA (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5219736/) というPacBioロングリードシーケンスのオルガネラ用アセンブラを使ってみました。Organelle_PBAはさまざまなアセンブリに関するプログラムを組み合わせて自動的に…

VCFファイルから周辺配列（flanking sequence）を取得したいとき、様々な方法が考えられると思います。今回はその中で bedtools を用いた方法を考えていきたいと思います。 bedtools flank というコマンドが周辺配列をとってくる際に用いるコマンドですが、…

RepeatMaskerとは RepeatMasker はその名の通りリピートをマスキングしてくれるようなプログラムです。ホームページはhttp://www.repeatmasker.orgです。解析はhttp://www.repeatmasker.org/cgi-bin/WEBRepeatMaskerから可能です。また、ローカルで実行する…