輪郭（形）というと一見定量的に評価するのが難しそうな対象ですが、実は意外とできるということで簡単に実験してみました。 今回の方法の基盤となるのはフーリエ記述子という概念です。 解析対象は最近スーパーでニンジンを大量に買ったのでそれを使いまし…

これまでの記事で扱ってきた葉面積算出手順を簡単なWebアプリにしました。 https://simple-leaf-area.herokuapp.com 上記リンクにアクセスすると下図の右のようなページが開きます。 最初の画面 "Drag and Drop" と書いてあるエリアに葉面積を測りたい対象が…

(本記事の内容はすべてをテストして調べたわけではないので、正しいことを保証できません。最終的には公式のマニュアルを参照されることをおすすめします。） bcftoolsの多くのサブコマンドで使うことのできるフィルタリング用のオプションとして、 -i, --in…

画像上での被写体のサイズはカメラ-被写体間の距離に依存します。例えば被写体がカメラの近くに存在するときは大きく写ります。このことは、植物の非破壊によるフェノタイピングを行うため、例えば植物を上から取った画像から葉面積を算出するといった際に大…

faidxと言えばsamtoolsに実装されている機能の1つで、FASTAやFASTQファイルのインデックスを作ったり部分配列を取り出したりするときに便利なプログラムです。今回はこれについて理解を深めるため簡単な実験をしてみました。 以下のようなテストデータを用意…

（以下の記事はR 3.6.3で試しています。） Rはプロットに関する関数が充実して勘所をつかむと結構いろいろなお絵描きができます。例えば私は以前の記事でこんなアホなことをしています。 menseki.hatenablog.jp そして、学生時代よく実験で使っていた96(384)…

GGGenomeといえば配列を高速で検索してくれるサービスですが、そのトップページに記載の通り、REST APIの形でサービスを提供しているため、Pythonからも結構簡単に結果を取得できます。そこで、今回はpythonからGGGenome検索を行うためのスクリプトを描いて…