edgeRでの多群間発現変動解析について、少し実験してみました。 今回はこのような仮想的なデータを用意しました。G1、G2、G3という３つのグループを含むという設定です。今回用いるデータはかなりノイズが少ない現実のデータとは少し遠いシミュレーションデ…

plot.new() plot.window(c(-10, 10), c(-10, 10), asp = 1) polygon(c(-3, -4, 4, 3, -3), c(-8, 1, 1, -8, -8), col = "#ead7a4", border = F) polygon(c(-3, -3 - 10 / 9, 3 + 10 / 9, 3, -3), c(-8, 2, 2, -8, -8), lwd = 2) segments(c(0.8, 1.5), c(-7.…

３グループデータのモデル化 前回に続きましてRNA-seqの記事になります。まずは、３グループの場合のそれぞれのサンプル、遺伝子のカウントデータの平均パラメータを数式で簡単にモデル化していきたいと思います。こちらのページ(https://bi.biopapyrus.jp/r…

突然ですがRNA-seqのリードカウントデータによる発現解析についての記事です。今回はサンプルのグループが３つ以上のときの解析方法について、少し考えたことを述べていこうと思います。３つ以上を一般的に考えると頭がこんがらがるので今回は３つの場合と限…

生物系の研究室ではある系統の交雑後代の遺伝子型を複数のマーカーについて調べるという実験をすることがよく？あります。こういった実験ではエクセルなどの表に結果を記録していきます。行にサンプル、列にマーカーが並んでいて、各セルにそのマーカーの示…