突然ですが、実験プロトコルに書いてある反応溶液の組成などは基本的に1サンプル分だったりして、そこから自分が必要な分を計算したりします。そういった作業が面倒くさい（アプリがありそうですが）のでなんとなくR markdownとShinyを使ってインタラクティ…

発現変動解析では多くの場合発現変動している遺伝子、いわゆるDEGを検出するのが目的です。 ですので、帰無仮説はA群の平均発現量＝B群の平均発現量という帰無仮説を立てて統計検定を行います。ところで、研究の目的によっては発現変動「していない」遺伝子…

RでVCFファイルを扱う場合、CRANにある vcfR または Bioconductor の VariantAnnotation というパッケージの２つの選択肢があると思います。今回は Bioconductor の VariantAnnotation を触ってみたのでその記録を残しておきたいと思います。 Bioconductor …

shinyとは、統計言語RでインタラクティブなWebアプリケーションを開発するためのパッケージです。 Shinyアプリを実際に稼働させるとなるといろいろな方法があります。実際にどんな方法があるかはhttps://shiny.rstudio.com/articles/#deploymentを参考にする…

KASP (https://en.wikipedia.org/wiki/Kompetitive_allele_specific_PCR) のような2種類の蛍光強度の強さから遺伝子型を同定する実験があります。人間が一つ一つデータを見て各サンプルの遺伝子型を決定するのは面倒なので、今回はこの実験で得られる2種類の…