プライマーデザインツールといえば、言わずとしれた primer3 でしょう。 私もよくお世話になっているツールですが、これまでは Web版 を 主に利用してきました。 しかし、一度に大量のプライマーを作成するとなるといちいちサイトでクリックをしているのはと…

最近 bedtools を使ってて躓いたところがありました。 bedtools maskfasta を使っていたのですが全くマスクされた配列が出力されず、 入力がそのまま出力されているように見えていました。 特にエラーも吐かず平然とインプットファイルと同じアウトプットを…

今回は snakemake でバリアントコール パイプラインを構築してみたいと思います。 bcftoolsによるバリアントコール まずはbamファイルからバリアントコールを行うルールを書いていきます。 rule bcftools_mpileup_call: input: rg="read_groups.tsv", bam=ex…

vcfファイルのサンプル名がbamファイル名なんですけど… bcftoolsで何も考えずにバリアントコールをしたとき、vcfのサンプル名はbamファイル名になっています。 別にこのままでもいいかもしれませんがなんかダサい感じがします。 そこでvcfの列名の部分にサン…

RNA-seqデータのクラスタリング RNA-seqでは得られたリードを遺伝子やエキソンごとに数え上げることで発現解析を行うことは一般的なワークフローの一つです。得られたカウントデータは通常、行に遺伝子またはエキソン、列にサンプルが並ぶような形の数値行列…