Reference Bias 現在広く普及しているゲノム配列解析では、実験対象の種のゲノム配列を代表する参照配列（リファレンス）を用意し、それに対しシーケンスされたリードをマッピングするという手順を踏みます。 しかし、この方法にはReference Biasという現象…

アプリURL https://sabe.shinyapps.io/clfbg/ ということで、改めてアプリの詳しい使い方をここで示したいと思います。 アプリサイトにアクセスするとまず最初に以下のような画面が現れます。 最初にすることはインプットファイルのロードです。上図で赤く囲…

Rでgenomic dataをプロットする場合いくつかのパッケージがあります。例えば RIdeogram IdeoViz などです。 その中の一つに karyoploteR (Bernat Gel & Eduard Serra. (2017). karyoploteR: an R/Bioconductor package to plot customizable genomes display…

RでVCFファイルを操作する2ということで2ヶ月前の記事に引き続き VariantAnnotation でのVCFの扱い方について説明していこうと思います。 今回はデータのプロットまでしてみようと思います。 データインポート 前回と同様、パッケージに同梱されているVCFフ…

Gvizとは Gvizはゲノムブラウザーで行うような可視化をRのプロットシステムを用いて実行することを可能にしてくれるパッケージです。 GvizはTrackという単位でプロットを行います。Trackにはいくつかの種類がありそれぞれに関数があります。これらの関数を用…