競プロとは 競プロとは競技プログラミングの略称で、出題される問題に対し、プログラミングによって解決をし、その速さ、正確さを競うものです。 日本で競プロのコンテストを開催しているサイトといえばAtCoder(https://atcoder.jp/)が代表的だと思います。 …

最近、最尤法について考えることがあったのでこれについて少し書きます。特に資料を当たって書いているわけではないのでこれから書く内容は私の現時点での妄想です。。。 そもそも最尤推定の前に 最尤推定は簡単に言えばある確率モデルのパラメータを求める…

プライマーの様な短い配列をBLASTにかけるときはデフォルトのコマンドラインのパラメータでは ヒットしないことがよくあります。 そこで今日は短い配列のBLAST検索するときのコマンドラインの設定を備忘録的にメモしておきます。 blastn -task blastn-short …

手元にあるパブリックになっていないFASTAファイルからBLAST検索をかけたいとき、私はローカルに インストールしてあるBLAST+を使用して検索をかけます。 BLASTのデータベースは makeblastdb コマンドで作ることができます。このデータベースは検索毎 に作る…

EMBOSSとは EMBOSSとは"The European Molecular Biology Open Software Suite"の頭文字を取ったものであり、 分子生物学系の解析を行うのに便利なツール群です。詳細はこちらのリンク http://emboss.sourceforge.net/ で確認できます。 インストールは例えば…