プライマーの様な短い配列をBLASTにかけるときはデフォルトのコマンドラインのパラメータでは ヒットしないことがよくあります。 そこで今日は短い配列のBLAST検索するときのコマンドラインの設定を備忘録的にメモしておきます。 blastn -task blastn-short …

手元にあるパブリックになっていないFASTAファイルからBLAST検索をかけたいとき、私はローカルに インストールしてあるBLAST+を使用して検索をかけます。 BLASTのデータベースは makeblastdb コマンドで作ることができます。このデータベースは検索毎 に作る…