プライマーの様な短い配列をBLASTにかけるときはデフォルトのコマンドラインのパラメータでは ヒットしないことがよくあります。
そこで今日は短い配列のBLAST検索するときのコマンドラインの設定を備忘録的にメモしておきます。
blastn -task blastn-short -db db -query primer.fa
一番簡単なのは -task オプションで明示的に blastn-short として、短い配列を検索する用の
設定にすることだと思います。
その他個別に -word_size を変えたりする手も考えられますが、ひとまずはこれで良いでしょう。
