最近 bedtools を使ってて躓いたところがありました。
bedtools maskfasta を使っていたのですが全くマスクされた配列が出力されず、
入力がそのまま出力されているように見えていました。
特にエラーも吐かず平然とインプットファイルと同じアウトプットを出してくるので何が原因か 全然わからなかったのですが、どうやら改行コードが良くなかったみたいです。
今回のインプットのfastaはひとからもらったものだったのですが、改行コードがWindowsの形式でした。
この改行コードをLFに直したらうまく行きました。こんな些細なことで数十分失うとは😩
