プライマーデザインツールといえば、言わずとしれた primer3 でしょう。 私もよくお世話になっているツールですが、これまでは Web版 を 主に利用してきました。
しかし、一度に大量のプライマーを作成するとなるといちいちサイトでクリックをしているのはとても 面倒です。そこで、今回はコマンドライン版primer3を使ってみることにしました。
マニュアルを読む
さっそく、 マニュアル を読んでみます。 目次には29項目もの見出しがありますが、要点だけを見ていこうと思います。
まずは重要そうな1., 2., 3., 4. は重要そうなので読みます。著作権やライセンス関係、引用について、 使用上の注意といったようなところが書いてありました。以降インストールの説明は飛ばして（すでに自分の マシンにはインストールしてあったので）、「11. INVOKING primer3_core」を読んでみます。
primer3_core [ --format_output ] [ --default_version=1|--default_version=2 ] [ --io_version=4 ] [ --p3_settings_file=<file_path> ] [ --echo_settings_file ] [ --strict_tags ] [ --output=<file_path> ] [ --error=<file_path> ] [ input_file ]
とあります。これでコマンドラインの書式がわかりました。続いて「12. COMMAND LINE ARGUMENTS」を 読んでみます。すると、特に必須のオプションはなさそうなので、インプットファイルの形式を理解すること に集中したいと思います。
「13. INPUT AND OUTPUT CONVENTIONS」を読んてみると、ファイル形式は、複数のレコードを含み、 各レコードはタグとバリューが空白なしで＝でつながっており、各行に1レコードがあり、最後は＝のみの 1行を置くといった感じであることがわかりました。
どうやら重要なのは SEQUENCE_TEMPLATE という感じがします。とりあえず、このタグだけ設定して
ランしてみます。
input file:
SEQUENCE_TEMPLATE=ACATGGCATAGGCGCAACTGCAGAGACTGATGATTGCTCTGGCGGATTGAATTCAGGAATGAGAGAAGTTAACATCCTTTTCTGTTCACTGCAAGTTCCCNTGTCTCCCATATGCAATGTTTTATATTCTCTTGGAACTCCATAAAGTGTTGGGGGCCTGAAAATGAAGTAAAAAGAGAGTTTATACAAGAATAGATAATA = SEQUENCE_TEMPLATE=ATTGTCCCCCTAAAATGCCACAAAACAAAATTGAAAGACCAGAAATGAAATACAGGCAAACATGTAGCCTACCAATGAAAATATTATGGATAACAAAATTNGGTCTTACCCACATCTGAACAGGTTGATGAAAATGAATTTCAGCAAGGTATTCCATCTCAGGGTCTGCTCTCAACCATAACAAAGGAGATTCCACACTGA = SEQUENCE_TEMPLATE=ACAAAATTGAAAGACCAGAAATGAAATACAGGCAAACATGTAGCCTACCAATGAAAATATTATGGATAACAAAATTTGGTCTTACCCACATCTGAACAGGNTGATGAAAATGAATTTCAGCAAGGTATTCCATCTCAGGGTCTGCTCTCAACCATAACAAAGGAGATTCCACACTGAAATGAGACAATATAGTGCATTCAA =
output file:
SEQUENCE_TEMPLATE=ACATGGCATAGGCGCAACTGCAGAGACTGATGATTGCTCTGGCGGATTGAATTCAGGAATGAGAGAAGTTAACATCCTTTTCTGTTCACTGCAAGTTCCCNTGTCTCCCATATGCAATGTTTTATATTCTCTTGGAACTCCATAAAGTGTTGGGGGCCTGAAAATGAAGTAAAAAGAGAGTTTATACAAGAATAGATAATA PRIMER_LEFT_NUM_RETURNED=5 PRIMER_RIGHT_NUM_RETURNED=5 PRIMER_INTERNAL_NUM_RETURNED=0 PRIMER_PAIR_NUM_RETURNED=5 PRIMER_PAIR_0_PENALTY=0.210680 PRIMER_LEFT_0_PENALTY=0.179065 PRIMER_RIGHT_0_PENALTY=0.031616 PRIMER_LEFT_0_SEQUENCE=CTGATGATTGCTCTGGCGGA PRIMER_RIGHT_0_SEQUENCE=TTTCAGGCCCCCAACACTTT PRIMER_LEFT_0=26,20 PRIMER_RIGHT_0=162,20 PRIMER_LEFT_0_TM=60.179 PRIMER_RIGHT_0_TM=60.032 PRIMER_LEFT_0_GC_PERCENT=55.000 PRIMER_RIGHT_0_GC_PERCENT=50.000 PRIMER_LEFT_0_SELF_ANY_TH=0.00 ...つづく
ひとまずは3つのテンプレートからプライマー配列を得ることができました。今度はもっと実用的な使い方を 試してみたいと思いますが今回はここまでにしたいと思います。
